La vaccination contre la fièvre jaune est obligatoire et son contrôle intervient à l'arrivée de chaque vol. Les recommandations officielles françaises citent par ailleurs, selon le profil du voyageur et la durée du séjour, les vaccins contre l'hépatite A, la fièvre typhoïde, l'hépatite B, les méningites à méningocoques ACWY et la rage, la tuberculose pour les enfants de moins de quinze ans, ainsi que la vaccination contre le mpox en cas d'exposition à risque. Une consultation dans un centre de vaccinations internationales plusieurs semaines avant le départ permet d'établir ce calendrier.
Le paludisme représente la première cause de mortalité par maladie dans le pays et concerne l'ensemble du territoire. La prévention associe un traitement prophylactique prescrit par un médecin et une protection contre les piqûres de moustiques, de jour comme de nuit. Le choléra sévit de façon endémique dans plusieurs provinces, notamment au Katanga, au Kasaï et au Nord-Kivu. Des résurgences de maladie à virus Ebola restent possibles, des foyers de peste persistent en Ituri et la trypanosomiase demeure présente en milieu rural.
Les hôpitaux publics souffrent d'un manque criant d'équipements et de médicaments. Quelques cliniques privées de Kinshasa et de Lubumbashi atteignent un niveau acceptable, avec un paiement demandé d'avance. Une assurance couvrant les frais médicaux et le rapatriement sanitaire constitue de ce fait une condition pratique du séjour, au même titre qu'une pharmacie personnelle complète.
L'eau du robinet ne se boit pas. Les voyageurs s'en tiennent à l'eau embouteillée et capsulée, aux aliments bien cuits et aux fruits pelés, l'hygiène des mains restant la mesure la plus efficace contre les affections digestives.
Les conseils aux voyageurs publiés par le ministère français des Affaires étrangères font foi et évoluent régulièrement. À l'été 2026, l'est du pays reste formellement déconseillé, en particulier le Nord-Kivu et le Sud-Kivu après la prise de Goma et de Bukavu par le M23, de même que les parcs des Virunga, de Kahuzi-Biega et de la Garamba en raison de risques d'enlèvement, ainsi que le Tanganyika, le Kwilu, le Kwango et le secteur de Kwamouth. Les provinces du Kasaï, le Mai-Ndombe et le Kongo-Central sont déconseillés sauf raison impérative. Le volcan Nyiragongo demeure actif et la région des Grands Lacs connaît une activité sismique.
La capitale connaît des vols à main armée, des cambriolages et de faux contrôles de police, les étrangers isolés circulant à pied constituant des cibles privilégiées. Les déplacements en véhicule fermé, le renoncement aux sorties nocturnes non organisées et la discrétion sur les objets de valeur réduisent sensiblement l'exposition. La circulation routière et les transports collectifs présentent par ailleurs un niveau de risque d'accident élevé.